Les premières Universités populaires se sont fondées en 1919 à Bâle, Berne et Zurich à la suite de la crise politique qui aboutit à la grève générale de 1918. Ces fondations ne sont pas sans lien avec des modèles étrangers: le mouvement des Universités populaires danoises au XIXe siècle et les University Extensions britanniques. Elles avaient l'intention de rapprocher les couches sociales par une large formation populaire et une culture commune. Entre les deux guerres, le mouvement s'étendit surtout dans le canton de Zurich, où 36 UP locales furent créées. On n'en compte que huit nouvelles dans le reste du pays. Elle font défaut en Suisse romande jusqu'à la fin de la seconde guerre mondiale, si on excepte l'Université ouvrière de Genève, créée déjà en 1900.

L'AUPS se constitua le 30 janvier 1943 à Zurich. Neuf Universités populaires se sont déclarées d'accord d'en faire partie. Le professeur Adolf Portmann, président des cours UP à l'Université de Bâle, fut élu à la présidence. L'administration fut prise en charge par Hermann Weilenmann, alors directeur des UP zurichoises. Cette personnalité fut d'ailleurs la cheville ouvrière de cette constitution. Le délégué du gouvernement zurichois, le conseiller d'Etat R. Briner faisait remarquer dans son discours que cette création pouvait se révéler d'importance nationale et ses effets se montrer sensibles dans la vie culturelle du peuple. Il était d'avis que les efforts des autorités cantonales en faveur de la formation populaire devait être complétés par un geste à l'égard des Universités populaires.

Parmi les buts déclarés de cette nouvelle association figurait la création de nouvelles Universités populaires, afin détendre leur offre de formation à l'ensemble du territoire. Cet effort s'est vu couronné de succès et le nombre des UP augmenta rapidement, surtout après la fin de la guerre. Elles s'étendirent à la Suisse romande, au Tessin et aux Grisons. Les UP organisèrent bientôt des cours dans plusieurs centaines de localités.

Après cinquante ans d'existence, l'association et ses membres ne se contentent pas d'une croissance quantitative, mais elles améliorent notablement leur offre. Au début, les exposés étaient très fréquents. D'autres formes prirent peu à peu leur place: méthodes actives, groupes d'étude, excursions, voyages d'étude et cours de fin de semaine. A côté des cycles de conférences plus brefs, des cours de longue durée peuvent compter plusieurs semestres et même aboutir à l'examen pour l'obtention d'un certificat international. Pour le plus grand bénéfice des UP qui en sont membres, l'AUPS a adhéré à l'"International Certificate Conference" (ICC), qui offre des examens de langues normalisés, et à la conférence européenne pour l'Informatique (EURIC).

Des progrès sensibles ont été également accomplis pour faire reconnaître l'activité des UP par l'opinion publique. L'AUPS n'eut pas à attendre longtemps le soutien financier de la Confédération, dans un premier temps par la fondation Pro Helvetia, puis directement de l'Office fédéral de la Culture. Région par région, les cantons et les communes soutiennent de plus en plus les Universités populaires. Le canton de Berne représente un exemple tout particulier: par la loi sur la formation des adultes il a donné un fondement légal à la promotion de l'éducation des adultes. En général, la part de l'argent public reste relativement modeste et correspond au cinquième des dépenses. Les Universités populaires ne sauraient se passer de l'apport bénévole.